Anche sui primi abitanti dell'isola sono nate diverse legende.
I mitologi pensano che esseri mostruosi con un solo occhio: dei Ciclopi, abitassero l'isola spiegando la loro esistenza con la presenza dei crateri dell'Etna o con quella dei cranii di elefanti nani, certamente esistiti nell'isola, in cui il buco della proboscide venne interpretato come cavità oculare; o anche favoleggiano sulla presenza dei Lestrìgoni, giganti antropofagi abitanti nel territorio di Lentini; di entrambi ne parla il famoso Omero nell'Odissea. Secondo una versione più accreditata, furono i Sicani i più antichi abitatori della Sicilia - da loro chiamata Sicania- i quali furono succesivamente cacciati nell'interno dell'isola dai Siculi, una popolazione guerriera proveniente dall 'Italia; mentre nell'estrema parte occidentale dell'isola si sarebbero stanziati gli Èlimi, nell'Eneide di Virgilio identificati come coloro che preferirono rimanere in Sicilia, invece di seguire Enea nel Lazio.
Queste antiche popolazioni dell'isola lavorarono l' ossidiana, sorta di vetro vulcanico tipico di Lìpari ed in seguito iniziarono a lavorare i metalli; nell'età del bronzo, instaurarono intensi rapporti con i popoli del Mediterraneo orientale e occidentale e nel secolo XIII a.C. iniziarono a costruire villaggi con una necropoli, sepolcri e palazzi di pietra. A Pantelleria sono caratteristiche le costruzioni dette sesi, tombe con grossi blocchi di pietre non squadrate, e somiglianti, in proporzioni ridotte, ai nuraghi sardi. Intorno all'XI e X secolo a.C., in particolare nella Sicilia occidentale, crearono delle sedi commerciali i Fenici, trasformate in occupazione militare, dopo la fondazione di Cartagine, avvenuta nel IX secolo a.C. nella vicina sponda africana. L'attività fenicia di commercio si rivolse soprattutto al grano di Agrigento e all'ossidiana di Lìpari, e alla fondazione di un' àttività industriale, con fabbriche di ceramica e soprattutto con fabbriche tessili a Mozia ( il cui nome in fenicio significa appunto "tessitura").